تقع العين في الداخل قرب الحدود مع سلطنة عمان بعيداً عن ساحل الخليج، ما يمنحها مناخاً صحراوياً قارياً جافاً يختلف عن المدن الساحلية. يكون الصيف حاراً جداً مع درجات حرارة قد تتجاوز 45 درجة مئوية، لكن انخفاض الرطوبة مقارنة بالساحل يجعل الحر أكثر احتمالاً نسبياً.

تتميز العين بليالٍ شتوية باردة وفوارق حرارية واضحة بين النهار والليل بسبب موقعها الداخلي وقربها من جبل حفيت. يكون الشتاء معتدلاً ولطيفاً نهاراً، وهو ما جعل المدينة معروفة بواحاتها وخضرتها وسط الصحراء.

الأمطار قليلة وتتركز في أشهر الشتاء على شكل زخات متفرقة، وقد تشهد المدينة عواصف غبارية في الربيع. ويبقى الهواء جافاً مشمساً في معظم أيام العام.

أفضل وقت للزيارة: أفضل وقت لزيارة العين من نوفمبر إلى فبراير حيث الأجواء جافة معتدلة وممتعة.