تقع الخرطوم عند ملتقى النيلين الأزرق والأبيض في قلب السودان، ويسودها مناخ صحراوي حار شديد الجفاف معظم العام. يكون الصيف لاهباً بدرجات حرارة تتجاوز 41 درجة مئوية وقد تلامس 45 درجة، وتعد من أشد العواصم حرارة في العالم.

تشهد المدينة موسم أمطار قصيراً في الصيف بين يوليو وسبتمبر تجلبه الرياح الموسمية القادمة من الجنوب على شكل عواصف رعدية مفاجئة قد تغرق الشوارع. أما الشتاء فيكون دافئاً نهاراً ومعتدلاً ليلاً وهو أفضل فصول السنة.

تشتهر الخرطوم بعواصف الغبار الكثيفة المعروفة بالهبوب التي تجتاح المدينة قبيل موسم الأمطار وتحجب الأفق بستار من التراب. ويبقى الجفاف والحرارة هما الطابع الغالب على مناخها طوال العام.

أفضل وقت للزيارة: أفضل وقت لزيارة الخرطوم من نوفمبر إلى فبراير حين يعتدل الطقس ويصبح أكثر راحة.